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Programa del Curso
Introducción a la Genómica Microbiana y Metagenómica
- Visión general de la genómica microbiana y metagenómica
- Tecnologías de secuenciación y diseños de estudio típicos
- Formatos de archivo clave y organización de datos
Control de Calidad y Preprocesamiento
- Evaluación de la calidad de las lecturas y recorte
- Eliminación del huésped y cribado de contaminantes
- Normalización de lecturas y consideraciones posteriores
Enfoques de Perfilado Taxonómico
- Perfilado basado en marcadores con MetaPhlAn
- Métodos de k-mer y clasificación con Kraken2 y Bracken
- Comparación de salidas de perfilado y visualización
Ensamblaje Metagenómico y Binning (visión general)
- Estrategias de ensamblaje y uso de SPAdes
- Conceptos de binning de contigs y herramientas comunes (brevemente)
- Evaluación de la calidad y completitud del ensamblaje
Anotación Genómica y MLST
- Anotación de genomas con Prokka
- Realización de MLST e interpretación de tipos de secuencia
- Generación de informes para compartir resultados
Llamada de SNP y Filogenética
- Flujos de trabajo de llamada de SNP basados en mapeo con Snippy
- Construcción de árboles filogenéticos con IQ-TREE
- Visualización e interpretación de árboles con iTOL
Resistencia Antimicrobiana y Perfilado Funcional
- Detección de genes de resistencia antimicrobiana con AMRFinderPlus, CARD y ResFinder
- Perfilado funcional y resúmenes de vías
- Informes de resistencia y anotaciones funcionales
Flujos de Trabajo Reproducibles y Mejores Prácticas
- Uso de Conda, Docker y plantillas de flujos de trabajo para la reproducibilidad
- Gestión de datos, estándares de metadatos y principios FAIR
- Escalado de análisis con recursos en la nube y cuadernos
Estudios de Caso y Laboratorios Prácticos
- Análisis de ampolas 16S/18S desde lecturas brutas hasta tabla taxonómica
- Perfilado metagenómico y análisis comparativo entre muestras
- Ensamblaje genómico, anotación, filogenia de SNP y informes de resistencia antimicrobiana
Resumen y Próximos Pasos
Requerimientos
- Familiaridad con conceptos biológicos básicos como el ADN y los genes
- Se recomienda estar cómodo usando una interfaz de línea de comandos
- Comprensión básica de conceptos de secuenciación y formatos de archivo (FASTQ, FASTA)
Audiencia
- Microbiólogos
- Investigadores académicos
- Personal de investigación y científicos de la industria interesados en genómica microbiana
21 Horas
